Proteome Discoverer软件拥有如下功能和特性：
符合行业标准的数据库搜索软件SEQUEST和Mascot （可选）用于准确和全面的对蛋白质鉴定和肽质量指纹图谱鉴定。
Z·Core数据库搜索算法快速、简便检索电子转移解离裂解数据
SRF文件输入向导可以与之前的BioWorks™平台进行无缝连接
能方便的将多搜索引擎和裂解技术（碰撞诱导裂解, 高能C阱裂解, 电子转移解离裂解）结果合并为单一报告
对同位素标记的肽进行相对定量
通过计算假阳性率对每一次搜索的蛋白ID进行验证
通过简单向导分析和个性化工作流程对原始谱图的多级质谱数据分析和蛋白释义
支持由国际人类蛋白质组的蛋白质组学标准计划开发数据标准
对鉴定到的蛋白提供生物学信息解释
Proteome Discoverer包括多个数据库搜索引擎，可对赛默飞世尔科技线性离子阱系列质谱仪提供的不同的解离技术进行分析，如碰撞诱导解离裂解，电子转移解离裂解以及高能C阱裂解技术。Proteome Discoverer使用户充分利用质谱高质量准确度和高分辨率的数据，而且不同的解离技术提供了互补的检测结果，并提高了蛋白的覆盖率和鉴定到的蛋白数目。
Proteome Discoverer软件中的肽一致页面(Peptide Consensus View)可以方便的对合并碰撞诱导裂解和电子转移解离裂解的碎片离子的检索结果进行解释，提高了肽段的覆盖率。还可以方便的对多个复杂数据进行处理，先进可视化工具能够方便的对数据进行解释和结果共享。
Proteome Discoverer的工作流程编辑器中可允许用户选择搜索算法，解离方法，结果过滤和定量方法，建立一个个性化的工作流程，甚至还可以将结果统一在单一的易阅读的报告中。此外，肽质量指纹图谱工作流程可以对高准确度的MALDI数据进行分析
新型数据库搜索算法Z·Core特别考虑到电子转移解离裂解谱图的特殊性。它包括了数据的预处理步骤，根据电子转移解离裂解谱图的性质，通过单位分辨率测量得到前体离子的价态。Z·Core提高了电子转移解离裂解数据分析的通量，最大化了数据库搜索的效率。提高了后续结果鉴定的可信度，减少了电子转移解离裂解数据解释的时间。
Proteome Discoverer可以进行多种相对定量的方法，包括常见的元素质量标记如串联质量标签（TMT），在一张图内进行肽鉴定和相对量的比值。还可以个性化过滤用特异性肽段得到精准的相对蛋白含量，对实验误差的肽浓度进行校正。
Proteome Discoverer还可以对液相色谱串联质谱的数据进行解释。InforSense 平台对每一个鉴定到的蛋白自动从公共数据库下载得到相关信息，包括GO分类注释，翻译后修饰位点以及相关参考文献。提供蛋白的特异生物信息和翻译后修饰可用来帮助设计补充实验和有目标性的后续实验。
此外，由公共数据库得到的信息鉴定结果可方便的导入Excel中，数据可以进一步验证已知或预测的翻译后修饰，并得到每一个蛋白的描述信息。
液相色谱串联质谱数据的采集现在可以结合创新数据询问策略，把建立包含和排除列表直接导入到xcalibur仪器方法，通过反复实验专门寻找低丰度样品组分。
SEQUEST是华盛顿大学的注册商标，Mascot是Matrix科学有限公司的商标。