在2011年2月18日举行的“2011年全国科技工作会议”上，中国食品药品检定研究院获“‘十一五’国家科技计划执行优秀团队”奖。
中国食品药品检定研究院高度重视科研工作，把科研作为提高检验能力、促进检验技术创新的重要基础。制定了《科研工作管理办法》， 加强科研管理的同时加大了对科研人员的奖励力度，调动科研人员勇于创新的积极性，促进自主创新能力，逐步形成了“检验依托科研，科研提升检验”的运行机制。
“十一五”期间，中国食品药品检定研究院结合单位自身优势，团结和带动全国药检系统及相关科研院所技术力量，围绕保证公众用药用械安全可靠，开展了大量的质量标准、检验技术和方法研究。承担了“艾滋病肝炎等传染病防治” 、“重大新药创制”重大专项、“863”、支撑计划、国家自然科学基金、科技基础性工作等科技任务共计61项;参加的各类科研课题160多项。初步建立的药品、生物制品质量控制技术平台，在药品安全监管及药害事件的处理中发挥了非常关键的技术指导作用。特别是在2009年甲型H1N1流感全球爆发的严峻形势下，凭借药品质量控制技术平台建设的优势和长期技术经验的积累，建立并实施了血凝素临时替代方法和参比品方案，保证了我国疫苗研发工作的顺利开展，使我国甲型流感疫苗率先进入临床实验，为我国甲型流感的防控工作争取了先机。
