审计署6月27日在其官方网站公布了科学技术部2010年度预算执行情况和其他财政收支情况审计结果。通报指出，部分在研项目课题经费管理使用不够严格和规范。审计2010年的99个支撑计划在研项目普遍存在不符合专项经费管理办法及其他财经制度规定的问题，涉及金额10254.77万元。
支撑计划项目中存在的问题包括：部分在研项目课题经费管理使用不够严格和规范。审计2010年的99个支撑计划在研项目普遍存在不符合专项经费管理办法及其他财经制度规定的问题，涉及金额10254.77万元，其中2010年4555.01万元。
此外，部分在研项目配套资金到位率低，有的虚假配套。截至2010年底，支撑计划的15个在研项目部分课题应配套资金1.39亿元，实际到位0.34亿元，到位率仅为24.46%;20个在研项目部分课题使用其他项目财政资金等配套1.42亿元，占应配套资金2.87亿元的49.48%。
通报还指出，部分项目成果存在使用其他科研成果充抵的问题。在所提供的8011篇论文中，有3284篇(其中已经结题验收项目论文成果2632篇)是用其他科研成果充抵的，占40.99%。
对以上问题，审计署已依法出具了审计报告、下达了审计决定书。对支撑计划部分在研项目课题承担单位配套资金到位率低及虚假配套问题，要求责成有关项目组织单位和课题承担单位按规定落实配套资金，确保项目顺利实施;对支撑计划部分在研项目课题经费管理使用不够严格和规范问题，要求加强对项目经费管理使用情况的监督检查，同时责成有关项目组织单位加强对课题经费使用情况的监督检查，督促有关课题承担单位按照规定进行整改;对支撑计划项目经费未及时拨付到位问题，要求今后应进一步提高支撑计划项目经费管理水平，认真核实相关信息，确保拨款及时无误，避免财政资金滞留。
据悉，科技部在审计前开展了自查，并纠正了自查发现的问题。对此次审计发现的问题，科技部将采取有效措施进行整改。
