比利时Trinean公司的 DropSense96是一台多通道分光光度计(spectrophotometer),可快速、精确地对微升级液滴进行全波段UV/VIS(紫外光/可见光)光谱分析,样品范围包括DNA/RNA,蛋白质和小分子化合物。DropSense96包含plate reader的所有特性,但使用的是特殊的可检测1-3µL样本的DropPlates。
图1. DropSense96微量小分子检测仪
关键特性:
(1)液滴样本体积:<3µL;
(2)4+1光学通路,可同时检测4个样本;
(3)可进行全波段的UV/VIS(紫外光/可见光:220-750nm)光谱分析;
(4)可在有污染物存在的条件下对生物分子(如DNA/RNA)进行定量检测;
(5)检测迅速:测量一个样品耗时3s,一个96孔板耗时<5min;
(6)宽广的动态范围:无需额外的稀释步骤(从5到5000ng/µL双链DNA,无需稀释);
(7)宽广的线性范围:0.1-100OD(10mm path equivalent);
(8)测量时每50ms进行一次光谱分析,得到高准确度和高质量数据;
(9)使用灵活:可手动操作,也可与移液器机械臂整合,进行高通量实验;
(10)易于进行样本数据输入和结果输出(可与LIMS实验室信息管理系统相兼容)。
DropSense96超微量光谱仪的技术背景
样本的质量控制(sample QC)是很多基因组学应用的瓶颈。目前的定量方法有其局限性,如其吸收是非特异的,但也有优势,如益于操作,在一定程度上也能提供关于样本质量的信息(如吸收比率)。荧光检测虽然特异性强,但价格昂贵、耗时,并且也无法提供更多的关于内容物的信息。
DropSense96的UV/VIS光谱测量法是一种光学技术,用来测量样品的吸收特性和荧光特性,能提供样品中的物质浓度等信息。当测量全光谱时,能运用更多的先进的分析技术,如对一个样本中的不同标记物质进行多元感应。
Trinean开发了专利的紧凑的多通道分光光度计DropSense96,能将简化的光学元件设计和重要的在通量、灵敏度和稳定性方面的优势结合起来。
DropSense96能同时检测多个样本的UV/VIS(紫外/可见光)全光谱。它能测量样本的吸收特性,并提供样本中物质的浓度水平的信息,如核酸、蛋白质或化学物的吸收值和浓度(µg/µl和pmol/µl)。
DropSense96可以用一个直接的方法实行差异化测量,可弥补漂移、温度等二次效应(secondary effects),得到更高的准确度。
图2. 独特的光学分光光度计设计(已获专利)将圆筒形透镜和整合的光学元素、高分辨率光栅和超灵敏光电二级管阵列结合起来。
DropSense 96超微量光谱仪的软件设计
可用3种软件方法计算生物分子浓度、操作仪器:
(一)DropQuant TM 软件:
可对基于A260nm吸收的DNA、RNA和基于A280nm吸收的蛋白质进行定量检测,得到传统的样本浓度和经典的A260/A280、A260/A230比值。
此软件易于操作,对实验方法的建立、微孔板的布局和输入/输出数据有广泛的选择性。
特点:
(1)多用户水平;
(2)快速定义实验;
(3)点击即可输入样本信息(.xls, .txt, .csv);
(4)实时跟踪检测;
(5)可全览吸收曲线;
(6)快速输出或定制报告选项(.xls, .pdf, .txt, .csv);
(7)与LIMS实验室信息管理系统相兼容;
(8)与cDropTM软件直接相连。
具体软件使用方法:
(1)定义芯片和微孔板的布局,包括空白孔、样本孔、重复孔和/或稀释孔。手动输入保存后的微孔板布局。点击“Start Test”即可开始测量。
(2)测量后能立刻显示实验结果。结果以96孔的形式显示,或以列或单个孔的形式显示。用颜色跟踪测量时遇到的问题(如孔中没有样本,则用红色空格显示)。
(3)单孔显示时,允许在一个窗口中将曲线和浓度进行重叠,全览时可观察到更多的细节信息。
(4)多输出选项可快速输出到Excel中,可得到全部自定义的报告(xls,txt,pdf,print等)。可与LIMS实验室信息管理系统相兼容。
(二)cDrop TM 软件:
cDrop TM 分析软件是一种新型的分析工具,是作为DropQuant软件的补充而设计的。它使用基于专利的内容物分析方法,可对复杂样本中的生物分子(DNA、RNA、蛋白质、寡糖(Oligo)、PCR产物)进行特异性定量检测。对比那些用于HPLC,IR-或NIR分析的传统的化学计量学方法,它利用先进的数学算法(专利正在申请中)排列复杂性。它通过定义样本中核酸和污染物(如蛋白质、盐类和苯酚)对光谱吸收值的贡献,来提取准确的定量信息。结果,测量光谱被分解成不同样本成份的光谱,从而对目标生物分子进行特异性定量,并评估样本的质量。这一突破性方法可得到高度特异和准确的定量结果。
cDrop TM软件是对提取样本进行质量控制,或在进行更先进、更昂贵的分子测试前对提取过程本身进行评估的理想工具。
cDrop TM 软件可放大UV/VIS光谱曲线:
(1)UV/VIS测量窗口:
cDrop TM 软件可显示所有的UV/VIS光谱数据,并从吸收结果中计算出A260的DNA/RNA浓度或A280的蛋白质浓度。
(2)内容物分析窗口:
cDrop TM 软件基于样本来源、样本类型(DNA、RNA、PCR产物…)、提取物或采用的实验方法来选择检测的实验方案。在此方案中,包含UV/VIS参比光谱表(reference spectra)。
(3)内容物分析窗口:
将参比光谱加入测量光谱,可对目标成份进行特异性定量,并估算样本中的污染物的浓度。
(4)内容物统计窗口:
可显示所有样本的内容物分析概况。所有可能增加吸收光谱值的检测成份都在图表中列出,包括混浊度检测(turbidity check),使用户能对微孔板上样本的质量有一个清楚的整体认识。
图3. cDrop软件在DNA定量检测中使用的示意图。 下方的图表表示在对从大量血样中提取的DNA进行定量时,将cDrop方法和2个传统方法(A260和Picogreen)进行对比分析。
图4. cDrop软件在RNA定量检测中使用的示意图。下方的图表表示对从Hek293细胞中分离的2个RNA进行cDrop内容物分析,显示胍盐污染物的浓度有很大的不同。RIN值显示为插入值。
cDrop TM 分析软件的关键应用:
(1)特异性的DNA、RNA定量;
(2)DNA、RNA的提取优化;
(3)PCR、qPCR之前的标准化;
(4)生物样本存储的质量控制;
(5)测序前样本的质量控制;
(6)RNAse或Dnase的效率;
(7)PCR扩增子的特异性定量。
cDrop TM 分析软件的特征:
(1)污染物分析;
(2)混浊度分析;
(3)统计学分析。
(三)DropControlTM(API)软件
DropSense96可作为独立的多色分光光度计使用,或可被整合入全自动的环境中。Trinean DropSense96被设计成可与移液器机械臂相整合:
物理整合:
(1)DropPlate被设计成可用移液器机械臂进行自动分配样本(尺寸与SBS标准相兼容,并且微流体曲折部件(the microfluidic meander)的样本自我填充技术使充满后的DropPlate有更长的存储时间);
(2)仪器的一次性耗材(the disposable)和进/出板架(in/out tray)的机械设计与移液器机械臂的抓手相兼容。
(3)仪器具有能标示仪器在工作台面上的位置的机械特征。
软件整合(API):
(1)Trinean提供一个“应用程序界面(application programming interface,API)”进行第三方程序与DropQuant软件或脚本(script)的交流和沟通。
(2)在远程模式中(典型的,当DropSense96仪器在一个全自动的实验环境中,与移液器机械臂进行整合时),脚本与DropQuant软件相沟通,并控制测量过程。一旦此脚本运行,就无需进行进一步的用户互动(举例而言:无需点击“start button”来装载新的一次性耗材:作为替代,脚本会传送指令到DropQuant软件上进行板架的打开和关闭)。
DropSense 96超微量光谱仪的技术参数
(一)产品技术参数:
(1)类型:4通道多色分析仪+1个参比通道;
(2)光学原理:紫外/可见光范围的超灵敏度二极管阵列光谱仪;
(3)光学元件组合:Catadioptric Czerny-Turner (专利号:US 7,864,317 B2);
(4)光源:6W氙气闪光灯,寿命109 flashes;
(5)波长范围:220-750nm;
(6)波长分辨率:<3nm;
(7)波长准确度:0.5nm;
(8)波长重复性:0.1nm;
(9)光谱范围:0.0005 – 2.0 OD;
(10)吸收精密度:0.003 OD;
(11)全波长获取:20/s;
(12)AD转换:16bit。
(二)兼容微孔板类型:
(1)DropPlates 16S,16D:多达6个,使用铝框;
(2)DropPlates 96S,96D:SBS形式,无需支架;
(3)商用的96-孔UV/VIS(紫外光/可见光)兼容微孔板。
(三)其他技术参数:
(1)系统启动时间:包括系统自检,耗时<2min;
(2)操作系统:计算机控制(Windows系统);
(3)软件兼容性:DropQuantTM和cDropTM(所有版本);
(4)连接:USB;
(5)电源:110-240V,50/60Hz(操作电压:24VDC);
(6)尺寸:34×45×35cm(W×D×H);
(7)重量:30kg;
(8)遵守协议:CE(未来为CSA)。
目前,此新型生物分子定量检测平台包括以下4个组成:
(1)DropSense96,专利的多色分光光度计;
(2)DropPlatesTM,微流体16孔芯片(microfluidic 16-well chips)和96孔微孔板(96-well plates);
(3)DropQuantTM软件,用户友好型的软件可以建立并运行吸收光谱测量;
(4)cDropTM分析软件,具有突破性的算法,可对样本在UV/VIS光谱范围内进行特异性的定量(专利正在申请中)。