在经历了两轮科技体制改革而科技与经济“两张皮”仍待改善的情况下，建立以企业为主体的技术创新体系，成为2006年以来逐步推进的第三轮科技体制改革的主导方向。可以预料，“十八大”后科技体制改革将进入推进力度更大的阶段。
而2020年中国的自主创新要更上台阶，尚需跨越“三重门”。
改进封闭运行
横亘在这一目标前的第一道坎是，如何打破现有的自上而下封闭运行的科研体制。
中国现行科研体制，是一种脱胎于计划经济的自上而下、由政府官员、大学科研院所专家及为数不多的大型国有企业共同组成的封闭的体系。从确定研究课题到课题“发包”，从科研成果评定到科技人才评价，完全在这一封闭的系统内运行。
计划经济时代，经济目标由政府确定，这套体系尚能提出与之相应的科研计划以服务于经济发展。而步入市场经济之后，这套政府驱动的封闭科研体系完全无法“摸准市场的脉”。
此前的科技改革，虽然也曾鼓励、逼迫这些封闭的体制内科研机构进行产学研转化、办公司，但既未从根本上使这一体系成为包容企业在内的开放体系，亦未改变其自上而下的决策机制，更难说增加了整体经济的技术含金量。
真正的经济主体企业，在改革开放后，大部分并不具备研发能力。经历过计划经济的国有企业原本就只是工厂，并不具备多少研发能力;外资工业企业也大都是制造工厂，接单按设计组装即可，处于并不需要多少技术能力的产业低端环节;民营企业，往往是从简单加工制造起步，前沿技术开发只是奢谈。
当有科研能力的机构、人员无法真正为市场、为经济提供技术支撑，而市场主体又无力进行科研开发的时候，经济与科技“两张皮”也就在所难免。
建立开发型科研体制
那么，在不打破这套封闭的科研体系的情况下，建设以企业为主体的技术创新体系是否可行呢?
答案显然是否定的。2005年底出台的《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》提出建立企业为主体的技术创新体系以来，虽然颇有进展，但缺陷之处也很明显。
根据官方数据，目前，中国已依托企业建立了90多个国家实验室;在国家科技重大专项中，企业承担的项目和资金远远超过科研院所承担的项目;科技支撑计划90%的课题也是由企业牵头。
但实际上，在封闭运行而又条块分割的科技行政管理体制下，以企业为主体的技术创新体系建设存在诸多形式主义倾向，表现在：一是以企业为主体更多地是强调了企业的投入。但自上而下的科技体制下，很多科技计划、项目都是政府确定，而不是以企业自身的技术创新需求为主导。因此，企业在政府的引导下加大投入，是企业帮助政府分担了科技创新的风险，而不是政府分担企业的风险。
二是“企业被参加”。一些国家重点科技计划申请过程中，从申报资格上要求申报单位中要有企业参加，但这些项目本身一般是国有科研院所为主导，企业参加，很多时候是为了申请项目的需要、为了获得政府的科技经费，而不是真正意义上的源于企业的生产或市场上的技术创新需求。
三是在政策支持的具体对象上，“以企业为主体”中的企业，更多是国有企业、大企业，而忽视了民营企业、中小企业。而从科技创新的历史来看，民营企业、中小企业往往是科技创新的重要主体。
因此，要建立以企业为主体的技术创新体系，就需要打破这套自上而下运行的封闭科研体系，建立容纳企业的开放、互动型科技体制。
破除权力经济
企业为主体的技术创新体系需要迈过的第二道坎是，中国必须破除权力经济。
企业是否愿意创新，取决于创新是否能够给企业带来利益，企业创新的动力在于竞争压力和市场需求。当前的中国，一方面，部分重要资源价格不能反映资源的稀缺性和外部性，导致低水平重复建设和片面追求速度;另一方面，许多政策还是投资激励，各级政府掌控税收、土地等资源，采取零地价和减免税等政策吸引投资，使得企业倾向于从优惠政策中获利。当房地产、金融、能源等低风险行业能获取高额利润时，很难想象企业会费力去做创新、甚至是做实业。
而房地产、金融、能源这些行业，本质上都是基于垄断的权力经济。在权力经济之下，要素资源纷纷流向这些行业，致使企业缺乏创新动力。
如果不改变权力经济，即便政府加大科研投入力度，最终也只不过开辟另一个寻租领域，而推动创新的政策初衷只会竹篮打水一场空。
企业为主体的技术创新体系的最后一重门，是技术创新本身面临的形势已不同往昔。
上世纪90年代初后，技术体制发生革命性变化，产品生产由集成向模块化转变。在产品的集成化时代，如果不掌握技术，便无法完成组装;并且可以通过逆向拆解完成技术的消化吸收;但在模块化的信息时代，通过逆向拆解消化吸收再创新已不再可能或者因为无法拆解，或者因为生产的模块化，而无需技术就可组装这也是“山寨”得以在中国大行其道的原因。但这种模块化组装，依靠的是低成本，而难以得到技术上的提升。
对于中国而言，如果迈不过去这“三重门”，不仅创新型国家目标难达预期，且极有可能陷入经济发展长期低水平徘徊的“中等收入陷阱”;而要迈过这“三重门”，显然已经超出科技体制改革的范畴，而是一场更艰巨的战役。
