“十二五”时期，中医药迎来了前所未有的发展战略机遇期，同时，也将面临许多新情况、新问题。《规划》指出，中医药发展既要保持特色优势又要积极利用现代科技。通过知识创新不断丰富和发展中医药理论体系，通过技术创新不断提高中医药服务能力和技术水平，不断提高科技进步对事业发展的支撑作用。
《规划》明确了未来5年中医药行业的重点任务，其中之一就是要“推进中医药科技继承与创新”。包括进一步开展中医药基础理论、诊疗技术、疗效评价及标准等系统研究，推动中药新药和中医诊疗仪器、设备的研制与开发。对中医药理论的科学内涵进行现代诠释。系统整理和挖掘中医古籍文献，实现重要中医古籍文献的数字化。开展名老中医药专家学术思想及临床诊疗经验的传承研究。挖掘、整理、总结和利用民间医药知识与技术。加强国家中医药科研机构建设，推进中医药科研基地特别是国家和省级中医临床研究基地建设。加强中医临床研究数据库建设，在全国范围形成网络化、智能化的中医药临床数据支撑平台与管理服务共享体系，实现中医临床科研信息共享。继续加强重点研究室和三级实验室建设，争取建设1―2个国家重点实验室。建立符合中医药特点的科技创新体系、评价体系和管理体制，整合中医药科技资源。推行中医药科研课题立项、科技成果评审同行评议制度。
此外，提升中药产业发展水平也被列为此次《规划》重点任务之一。内容包括加强中药(民族药)资源保护、研究开发和合理利用，推进质量认证和标准建设。开展全国中药资源普查，建立工作制度及技术规范，加快种质资源库建设。加强野生中药资源培育基地建设，强化对重要、资源有限的野生中药原材料的宏观调控。加强对医疗机构使用中药饮片和配制中药制剂的管理，鼓励和支持医疗机构研制和应用特色中药制剂。完善中药注册管理，充分体现中药特点，提高中药新药的质量和临床疗效。推进实施中药材生产质量管理规范，加强对中药饮片生产质量和中药材、中药饮片流通监管。推动中药现代化科技产业基地建设，鼓励具有优势科技资源和特色技术领域的企业建设重点研究室。继续实施现代中药高技术产业发展专项。支持中药材种植(养殖)标准化、规模化、专业化、区域化生产，加强中药生产关键技术应用与提高，培育龙头企业，发展一批聚集效应突出的现代中药产业基地。大力发展中医药相关健康产业。鼓励和支持产学研结合和建立产业技术联盟，提高我国中药产业的国际竞争能力。
