其中提出，由条财局、前沿局、重大任务局、科发局负责自主研制具有国际领先水平的高端科研仪器装备，成为国家科研装备研制创新高地，逐步改变我国科研仪器装备严重依赖国外的局面。
中科院现有研究所也将分为创新研究院、卓越创新中心、大科学研究中心、特色研究所等四大类别。
具体如下：
创新研究院：坚持需求牵引和目标导向，选择若干战略必争领域和经济社会发展的重大需求，围绕产业链部署创新链，整合相关科研机构或科技资源，加强政产学研结合，提升顶层设计、协同攻关和系统集成能力，在牵头承担重大科技任务、突破关键共性核心技术、提供系统解决方案、解决重大科技问题上，做出关键性、引领性、系统性重大创新贡献。2020年前，选择国家急需和具备条件的重点领域，组建5至10个创新研究院;2030年前，再组建10至20个创新研究院。(重大任务局、科发局负责)
卓越创新中心：瞄准基础科学的前沿方向和重大问题，坚持高起点、高标准，择优支持一批有望5至10年达到国际一流的创新团队或研究所，集学科、人才、项目、平台建设于一体，组织开展多学科协同创新，致力于实现重大科学突破、提出重大原创理论、开辟重要学科方向、建成国家创新高地。同时与人才培养有机结合，促进科教融合。2020年前，建设20个左右卓越创新中心;2030年前，在动态调整的基础上，建成30个左右卓越创新中心。(前沿局负责)
大科学研究中心：依托我院已建成运行、在建和规划建设的一批重大科技基础设施，建设高效率开放共享、高水平国际合作、高质量创新服务的大科学研究中心，有效集聚国内外科研院所、大学、企业，开展跨学科、跨领域、跨部门协同创新。开展若干下一代重大科技基础设施预研工作。2020年前，建设5至10个大科学研究中心;2030年前，建成15个左右大科学研究中心，其中依托大科学装置集群，建成若干国家科学中心，成为我国科技综合实力的重要标志之一。(条财局负责建设运行，相关业务局按照业务管理分工负责相关科研任务)
特色研究所：面向部分行业、区域经济和社会发展的独特需求及特殊学科领域，做强一批学科特色鲜明、队伍规模适度的研究所，通过院内外科教融合、与地方政府和行业共建等方式，巩固和发展特色优势，增强核心竞争力，服务经济和社会发展。(科发局、重大任务局负责)
适时对研究所进行调整。对因推进研究所分类改革需要，或对特色优势和成果产出不明显、长期缺乏核心竞争力的研究所，进行撤并重组和结构调整。(前沿局、重大任务局、科发局、规划局、条财局、人事局负责)
