开宗明义，考虑到问的是“学术界有哪些知名的争吵”，故设定以下遴选标准：
1. 学术：争吵范围限定在学术范围内，对学术界产生了重大影响——所以布鲁诺与教廷的冲突不计在内，因为布鲁诺不是因为其支持日心说的科学观点遇害。
2. 知名：具备知名度，争执双方至少有一方具有广泛知名度，争执主题在学界产生重要的影响——霍布斯和沃利斯关于是否能尺规作图化圆为方的争执不计，胡克和惠更斯争论谁发明了钟表游丝弹簧不计，影响力不足。
3. 争吵：要有火爆性，要打起来，要撕逼，要有热烈的场面。——爱因斯坦和波尔关于上帝是否掷骰子的争论不计在内，赖尔和赫顿的地质学均变论和灾变论之争不计，没吵起来。
以下我选取了五场争吵，也是我心中的科学史上五大撕逼，第一场伽利略迎战天主教会，是首次科学与宗教的猛烈冲突。第二场牛顿对阵惠更斯，开启光学史四百年争论，并直接引发了量子力学的源头。第三次还是牛顿出马，对阵莱布尼茨，是科学史首次就优先权展开长达几十年的争吵。第四场伏尔泰对阵尼达姆，争论生命起源，是唯一一次大型争吵中，学术观点错误的一方最终获胜。第五场赫胥黎对阵牛津主教，是科学史上首次约架，从形式到内容都开启了先河。
这里牛顿出现两场，没错，在我看来牛顿是最喜欢跟人吵架的科学大家，他几乎把当时所有能吵的著名科学家都吵了个遍。只有哈雷——就是哈雷彗星那个哈雷——和他亲密有加，我曾经百思不得其解，后来读资料发现，哈雷的父亲是个肥皂商人，不知道算不算一些线索。
当然，题主问的是争吵，如果改成争论，我会把第四场剔除，把爱因斯坦和波尔的没吵起来的论战放进去，我想这应该会构成科学史上最重要的五场争端。
当然我还是选了五场争吵，因为科学家们撕起逼来实在太凶猛了，大家都觉得科学史很枯燥，可我读起来，有时候感觉自己是在看《小时代》。
此外，我还会增加一篇中国区番外篇，康熙年间耶稣会士汤若望与清朝大臣杨光先围绕中西方历法的争论。这场争论在清初发动，最终奠定了西方历法在中国的胜利，但却付出了血的代价。
1.
“可它仍在运动”
日心说与地心说之争
伽利略 vs 天主教会
时间：十七世纪
正方：伽利略 近代科学之父
反方：乌尔班八世 天主教教皇
过程：
1632年，哥白尼学说正式被禁十六年后。伽利略时年六十八岁，这一年，他在佛罗伦萨写出了一生中最重要的一部著作《对话》。
《对话》全称为《关于托勒密和哥白尼两大世界体系的对话》，以三个人的对话形式讨论了地心说和日心说。书中对话的三人分别代表日心说信奉者、地心说信奉者及中立者，在书中四天的讨论中，用最全面的逻辑完整地支撑了日心说体系。
彼时“异端之锤”罗贝托·贝拉名与当年的保罗五世均已经在十一年前去世，当年曾经赋诗赞颂伽利略的巴贝里尼红衣主教如今高踞教皇的御座，称乌尔班八世，一改此前的友善态度。教皇阅后震怒，宗教裁判所当即成立特别委员会三人小组对《对话》一书进行调查。当年九月，委员会两周内连续举办五次会议并提交报告。教皇旋即要求伽利略立即赶来罗马，接受裁判所审判，不得有任何延误。
如同当年对布鲁诺的审判，他的审判由十名主教联手执行。伽利略起初还想辩解自己只是把日心说作为一种科学假设进行探讨，《对话》中对于两大体系均有涉及且不偏不倚。然而这样的辩解实在苍白，事实上，全书明白无误地表达了对日心说的倾向性，所有对地心说的维护都显得浅薄可笑。仅举一例，在书中为地心说辩解的人物名为辛普利奇奥(Simplicio)，即使是不懂意大利语的我们都能发现辛普利齐奥的“辛普”明显与“图样，图森破”中“森破(simple)”谐音，这样明白无误的讽刺当然也难逃宗教法庭之眼，事实上，意大利语中的该词源自词根semplice，也正是“头脑简单”之意。
两个月后伽利略穿着忏悔者的白布长袍，匍匐在裁判所冰冷的地面。宣判书冗长而洋洋洒洒，长达十数页，十位红衣主教中有七位签署了自己的名字。宗教裁判所将其判定终身监禁，按他们的设想，伽利略应当在地牢里度过自己的余生，并每周背诵《圣经·诗篇》中的悔罪诗。
伽利略逐字开始诵读裁判所为他拟好的弃绝宣言，发誓永远拥护地心思想。相传当他读完宣言，垂头看着膝下沉默的大地，喃喃低语：“可它仍在运动。”
影响：
意大利最后宗师的囚禁，伽利略至此在软禁之中度过余生。伽利略各项作品均遭封禁，1982年教皇约翰·保罗二世启动小组，通过十年对伽利略事件的重新调查，伽利略在逝世三个半世纪后终得平反。
这是日心说与地心说首次重要冲突。日心说经此一役，后经开普勒、牛顿完善，成为科学界主流学说。
2.
“如果说我看的更远，那是因为我站在巨人的肩上。”
光学波动说与粒子说之争
牛顿vs胡克&惠更斯
时间：十七世纪下半叶至十八世纪初
正方：牛顿 英国皇家科学院院长 英国皇家造币局局长 剑桥大学卢卡斯教授 近代物理学之父
反方：惠更斯 法国皇家科学院奠基人
胡克 英国皇家科学院奠基人、实验主任
过程：
牛顿、惠更斯、胡克同为十七世纪顶级光学大师，三人学术领域交叉之处，起于望远镜设计制作。
伽利略当年轰动一时的透镜望远镜采取透镜折射原理，当光线穿过高倍透镜之时，由于不同颜色光线折射角不同，通过镜筒的白光会在成像边缘形成彩色的光圈，成像质量也非常堪忧。
要克服这一困难，只能采取长焦距曲率小一点的透镜来减轻图像扭曲，由此带来的副作用是镜筒被大大加长。光学大师惠更斯创造性地抛弃了镜筒，设计“天空望远镜”，他直接把巨大的物镜安在高塔之上，然后观测者站在几个街区外，手持目镜对着物镜进行观测。
牛顿早就通过三棱镜分光实验对折射现象了如指掌，他直接设计出反射望远镜，放弃透镜的设计，而是使用凹面反光镜来聚拢光线，由于任何颜色的光线入射角与反射角都精确相等，一举消除了折射望远镜的成像光圈。
在牛顿、惠更斯等光学专家放眼天空之时，胡克在光学领域则钻研毫末，在伽利略此前粗糙的显微镜基础上进行修改，制出第一批实用的显微镜。胡克曾指责牛顿剽窃了自己的反射式望远镜设计，称自己早就做出过一版更好的。后来在牛顿与胡克的致函中，牛顿写下“如果说我看的更远，那是因为我站在巨人的肩上。”由于胡克身材矮小，学界普遍认为此为对胡克的讽刺。
惠更斯刚刚了解到牛顿的反射望远镜及光学论文。他表面加以赞誉，称牛顿的论文“极具独创性”，心里却对牛顿的光学成果不够满意，他大力完善自己的光学构架。开始贯穿了整个光学发展史的，牛顿的“微粒说”与惠更斯和胡克的“波动说”争论。牛顿从光的反射现象入手，认为光是由微小的粒子组成。惠更斯则认为光是一种波动，用以解释光的折射现象。此后惠更斯出版《论光》，以波动理论推导出光的折射和反射定律，令波动说在这场争论中抢占先机。
惠更斯1678年出版《论光》，牛顿此刻无心参与争论，一时选择隐忍。期间出版《原理》一书，提出万有引力。
1703年，牛顿的夙敌胡克在落寞中走完了自己68年的人生旅途。牛顿更进一步，当选为新任英国皇家学会主席。此时的牛顿，靠着《原理》一书，奠定了科学界第一人的地位;皇家学会主席一职让自己在科学界也举足轻重，他迅速而高效地，开始了对昔日老对手的清算。
首当其冲的是已经逝世的胡克，英国皇家学会中的胡克实验室和图书馆被就地解散，胡克留下的实验器材或被分散或遭销毁。甚至，在1710年皇家学会会址搬迁时，唯一的一副画像在搬迁中遗失，至今无人知晓胡克的真实面貌。
胡克逝世的第二年，牛顿重启光学的波动说与微粒说之争，于当年出版巨著《光学》，这本著作汇聚了牛顿在剑桥三十年研究的心力，从粒子的角度，阐明了反射、折射、透镜成像、眼睛作用模式、光谱等方方面面的内容，他更从波动说中汲取养分，将波动说中的震动、周期等理论引入粒子论，全面完善补足了粒子学说。紧接着他将波动说无法解释的问题一一提出，并对惠更斯当年的《光论》加以驳斥。当时惠更斯已在九年前病逝于荷兰海牙。波动说连失胡克与惠更斯两大支柱，牛顿以一己之力，扭转了光学两大理论交锋局势，此后的一个世纪，微粒说一直牢牢占据着光学研究的主流。
影响：
牛顿以一人之力扭转微粒说劣势，压制波动说长达百年，至于波动说的反扑，则要等到英国物理学家托马斯·杨的带领方才卷土重来。这场争论后来持续了数个世纪，直到1905年，爱因斯坦以光电效应的光量子现象为基础，提出光的波粒二象性，才算为这场马拉松式的辩论画上终止符。
3.
“以前悬而未决的问题现在同样无解。”
微积分发明权之争
牛顿vs莱布尼茨
时间：十七世纪末-十八世纪初
正方：牛顿
反方：莱布尼茨 柏林科学院院长
1666年，后来被称作科学史上的奇迹年，这一年，鼠疫爆发，牛顿避祸于乡下伍尔索普庄园。这一年，牛顿遇到了自己的苹果。牛顿把地球对苹果的引力和对月球的引力联系到一处，在计算月球轨道涉及到的繁琐的向心力计算时，为了方便计算，他发明了微积分。这一年牛顿24岁。
而九年之后的1675年，德国数学家莱布尼茨，师从于法国皇家科学院核心惠更斯，经历数年研究，独立发明了微积分。与牛顿从天体力学入手创立微积分的角度不同，莱布尼茨以数学家的身份，从几何学的切线面积问题发散，提出了同样的数学理论，二者殊途同归。
在进行微积分研究之时，莱布尼茨已经与牛顿有所交集。1675年莱布尼茨得到来自英国方面的最新无穷级数研究目录，便涉及到一些牛顿的研究。一年后，莱布尼茨在英国皇家学会秘书引荐下，与牛顿进行了短暂的通信。
其中两封最重要的牛顿回函如今被称作“前函”与“后函”，其中约略提及了牛顿的数学研究，他特别提到自己多年前便在微积分的初级版本无穷级数方面得到了突破。但牛顿小心翼翼地在信件中用一串密码加密了微积分的核心内容。
在“后函”中，牛顿已经怀疑自己的微积分理论存在被莱布尼茨剽窃的可能，对莱布尼茨信件中提到的与自己体系有异但内核一致的微积分体系，他不算客气地评价道：“以前悬而未决的问题现在同样无解。”
莱布尼茨晚于牛顿十年发明微积分，两人都没有急于公布自己的成果，直到八年后，也正是牛顿进行撰写《原理》工作之时，1684年10月，莱比锡大学学术刊物《学术论文集》刊登了莱布尼茨署名的论文，在这一篇论文里，莱布尼茨率先发表了微分研究，声称自己发明了这一崭新的数学工具。
这是数学史上公认的最早发表的微积分文献。两年后莱布尼茨发表积分学论文，两篇论文携手确立了微积分体系，并采用了先进现代的微积分符号，一直沿用至今。
两篇论文均没有提到牛顿的名字。
这是巨人间对微积分优先权争夺的开始，当时的牛顿引而不发，一年半后牛顿完成巨著《原理》，在其中的第二册中增加一段叙述，提到了十年前与莱布尼茨的“前函”与“后函”中的密码表述，陈明自己才是微积分的最早发明人。
真正的对决又拖了十余年，牛顿料理了与胡克的恩怨后，终于腾出手来。在牛顿的影响下，一个特别委员会在英国皇家学会中被组织起来，专门负责处理微积分的优先权之争。牛顿表示，委员会成员学识广博，来自几个不同国家，学术精熟，一定可以给出公正客观的解答。
一份详实的报告被很快被委员会匿名出具，宣布牛顿对微积分具有优先权。这份报告很快被寄送到全欧洲的各个学术中心，期间牛顿一直撇清自己和委员会的瓜葛，并表示自己“远远回避”，“唯恐被人觉得我为自己的案件作证”，事实上在后来整理牛顿的手稿之时，发现牛顿正是那份报告初稿的撰写人。而两个世纪后在学会整理档案之时，发现了当时被有意隐瞒的委员会名单，发现委员会几乎完全由牛顿的门人挚友构成，其中我们最熟悉的一位便是牛顿的好友埃蒙德·哈雷。
莱布尼茨自然无法忍气吞声，他与学生伯努利一道，以匿名传单的形式通报全欧，攻击牛顿过分追名逐利。只是双方的话语权并不对等，莱布尼茨如同可笑的堂吉诃德，面对英国皇家学会隆隆旋转的风车，无疑势单力孤。
1716年，70岁的莱布尼茨在痛风和胆结石引起的绞痛中长逝。
影响：
来自牛顿的打压并未湮没莱布尼茨的功绩，今天人们公正地将牛顿与莱布尼茨同时视为微积分的独立发现者，莱布尼茨微积分系统的符号体系简洁优雅，被全世界沿用。同时的英国数学家则因为沉醉于民族荣光，在之后一直固执地使用牛顿繁琐的记法，令英国的数学水平在此后的一个世纪都落后于欧洲。
此前的学术争论往往在于不同学术观点之间的针锋相对，而牛顿与莱布尼茨进行的却是学术优先权之争。科学家们第一次严肃对待起优先权问题，正是自牛顿与莱布尼茨而始。后来的学者们从他们的经历中汲取教训，从而完善了科学论文发表制度，学界关于优先权的争论日渐减少。
4.
“你在那些无聊之极的地方，证明了牛顿足不出户就能证明的东西。”
生命起源渐成论与预成论之争
伏尔泰&斯帕兰札尼vs莫佩尔蒂&尼达姆
时间：18世纪
正方：伏尔泰 “欧洲的良心”，启蒙运动旗手，百科全书派领军人物，乱入的科学界票友
斯帕兰札尼 意大利生物学家
反方：莫佩尔蒂 柏林科学院院长
尼达姆 英国生物学家
1750年，启蒙学者伏尔泰应普鲁士国王腓特烈大帝的邀请东去柏林，出仕普鲁士宫廷。很快，他开始与柏林科学院院长莫佩尔蒂针锋相对。
莫佩尔第是法国科学家，1736年莫佩尔蒂带领科考队前往北欧。他们在启程一年零三个月后返回巴黎，通过子午线测量，证明地球是扁球体，符合牛顿模型的预测。莫佩尔第以此成名，1746年正式成为柏林科学院院长，与从德国彼得堡科学院挖角而来的数学家欧拉，联手撑起柏林科学院。
莫佩尔蒂当时与正与同门师弟数学家凯尼格(Samuel K?nig)发生一段过节。凯尼格在一篇论文里，对莫佩尔蒂的成名作，最小作用量原理提出了质疑。莫佩尔第仿效四十年前牛顿打击莱布尼茨的手腕，以专家评审会的方式对凯尼格进行打压，逼迫后者辞职。“欧洲的良心”伏尔泰随即为凯尼格出头，开展了针对莫佩尔蒂猛烈的抨击。
伏尔泰本算是莫佩尔蒂的故人，本次反目，当然不仅是因为伏尔泰的正义感驱使。此前伏尔泰和有有夫之妇爱米莉结成了情人关系，而爱米莉因工作与莫佩尔蒂接触后，对莫佩尔蒂萌生好感。现如今私怨之上，又添公仇。
伏尔泰的手段不算高明，莫佩尔蒂在此前的研究中提出过许多奇思妙想，包括炸开金字塔探索其中奥秘，向地心打孔向地层深处一探究竟，聚集一堆面粉看看上面是否会自然长出鳗鱼等等。伏尔泰以充满讽刺的语气狠狠地嘲弄着院长这些奇怪的想法，在伏尔泰的笔下，就连莫佩尔蒂引以为豪的北欧子午线测量之旅，也变成了“你在那些无聊之极的地方，证明了牛顿足不出户就能证明的东西。”
莫佩尔蒂在伏尔泰的包装下成为欧洲学界的笑柄，在疾病与伏尔泰的双重打击下，莫佩尔蒂的身体迅速衰朽下去，1759年夏天，莫佩尔蒂病逝，柏林科学院院长至此陨落。
伏尔泰的火气还没有完全消散，在伏尔泰讽刺莫佩尔第“用面粉生产鳗鱼”的可笑之时，另一位生物学家尼达姆被伏尔泰顺手一击，无端中枪。
英国人约翰.尼达姆比伏尔泰年轻十五岁，在微生物研究领域颇有所长，“以面粉生产鳗鱼”一说事实上出自尼达姆的首创。
科学界票友伏尔泰无意之间就此乱入了当时生物领域“渐成论”与“预成论”两大阵营的对战，在十八世纪，在哲学领域最重要的一个问题：“你从哪里来”的发问引爆了生物学领域“渐成论”与“预成论”两大派系的争执。——生命从何而来?是自然界的自然孕育还是真如《圣经》所言出自造物主的创造?
“预成论”认为，从上帝造物的一刹那起，便已经创造了全部当时以及未来在地球上出现的生物。每一个器官都预先成型，只是极其微小，在后来的发育中按比例放大而成熟。人的生殖细胞中各个胚胎层层嵌套，每一个胚胎发育成人之后，又在生育年龄激活肚子里的下一级胚胎成为子辈。换而言之，如果有人找到在伊甸园里首次偷食禁果的亚当令夏娃受孕的第一颗精细胞，用显微镜去观察，他可以看到层层包含之下的全部人类未来的模样。这样的观点在我们今日看来荒谬之至，在当时却风靡一时。
“渐成论”则又称“自然发生论”(abiogenesis)，源头可上溯到古希腊时代。尼罗河流域的埃及居民发现尼罗河泛滥之后，潮湿的土地上遍布蹦跳的青蛙，便认为湿润的土壤自然可以长出青蛙;而欧洲的农夫发现将粮食储存进粮仓后会滋生鼠患，便以为潮湿的粮食自然可以变成老鼠。到了莫佩尔第与尼达姆这一代，人们知道大型动物不会自然产生，但相信微生物可以无中生有。
尼达姆直接以实验方式进行论证。他把煮沸杀菌的羊肉汁放入消过毒的玻璃烧瓶，用软木塞塞住密封，结果数日后羊肉汤中蠕动着大量微生物。他又观测潮湿腐败的麦子，发现同样可以繁殖生命。他把这些生物描述为细小的鳗鱼，也正是这一点引来了伏尔泰的攻击。这些结果直接宣告了生命似可从非生命物质中诞生，经过布丰在《自然史》中的引用，“渐成说”先胜一筹。
伏尔泰作为“预成说”的信徒，生物学造诣平平，只能通过抹黑尼达姆的名声来达成目的，他先是在作品中把后者歪曲成用羊肉汁和腐烂小麦生产“鳗鱼”的可怕怪人，又说尼达姆是同性恋者，并诬指尼达姆是爱尔兰人，又信仰耶稣会——在当时的法国，无论是爱尔兰人还是耶稣会会士还是同性恋都不受欢迎。
尼达姆则不落下风，列举伏尔泰的风流韵事讽刺，还说伏尔泰和他外甥女有着暧昧关系，连伏尔泰牙齿脱落，罗圈腿的生理缺陷也被提上台面。
最后这场闹剧以伏尔泰更胜一筹的手段告终，尼达姆因信仰耶稣会和欺诈双重罪名被一度投入监狱，他的著作也登上了天主教的禁书名录。伏尔泰领导预成论扳回局面。
科学议题的争端终归要回归科学领域，在尼达姆实验二十年后，生物学家拉扎罗.斯帕兰札尼(Lazzaro Spallanzani)以科学实验解决了这一争端。
斯帕兰札尼与尼达姆同为神职人员出身，他的研究方法建基于大量的实验与事实之上，精密、残忍而冷漠。为了研究动物的可再生功能，他切掉生物身上他能想到的每一个器官，看看会不会长出新的。为了进行实验，仅仅是蜗牛他就切了七百只。随后他列出了长长的动物可再生器官的清单，从水螅的触角到蝾螈的颌。
1765年，斯帕兰札尼重复了尼达姆的实验。他发现，尼达姆实验中最大的漏洞在于消毒不够彻底，只要将肉汤及器皿煮沸超过45分钟彻底消毒，再把尼达姆不靠谱的软木塞改为用融化的玻璃封锁瓶口，则瓶中再也不会有所谓“鳗鱼”出现，证明那些微生物根本不可能从无到有。
预成论就此翻盘成功，伏尔泰向斯帕兰札尼专程发函以为祝贺。他们更加坚信，人类现在所处的世界与上帝创造之时全然相同。当时，科学家已经在阿尔卑斯山上发现了海洋生物化石，而伏尔泰看来，那不过是过路的旅人吃剩的鱼骨。预成论再下一城，神创论宣告获胜。
1778年伏尔泰病逝，被匆匆葬在巴黎郊野。十三年后，法国大革命已经如火如荼，在革命家的支持下，他的遗体经历了盛大的送行和庄严的仪式后，安息在新近竣工的巴黎先贤祠。论战另一方的尼达姆，则晚于伏尔泰三年善终在布鲁塞尔，享年六十八岁，辞世前得到了足够的敬意，以英国和比利时的贵族爵位身份入殓。
影响：
这一场争论复杂微妙，预成论者使用正确的实验现象支持了错误的神创观点，尼达姆们支持学说无误却选错了实验。这是宗教神学对科学的又一次漂亮压制，生物学发展的步伐就此大大拖缓。渐成论则要等到进化论、胚胎学甚至DNA理论提出之后，才会重归应有的历史地位。
1953年，芝加哥大学的研究生斯坦利.米勒在长颈瓶里在导师斯坦利.尤里的指导下进行了实验，里面装着水、甲烷、氦气和硫化氢，模拟着远古时代的海洋和大气，还放了电火花来模拟远古闪电。几周后瓶里的汤汁中检测出了种类繁多的有机化合物，其中就包括生命必须的氨基酸。这个实验以米勒-尤里实验之名被写进教科书，显示了基础的生物粒子可以经过简单的物理过程产生，生命与非生命的界限在此显得尤为模糊。斯坦利.尤里这位早在1934年已经因为发现氢的同位素氘而获得诺贝尔化学奖，早已见惯了大场面的学者依然按捺不住心中的喜悦，认为这一定是“上帝的杰作”。
此时距离莫佩尔蒂与伏尔泰的争端开始，已经整整过去三个世纪。
5.
“跟猴子交媾的，是您的祖父一方，还是祖母一方?”
科学史第一约架：进化论牛津论剑
赫胥黎 vs 威尔伯福斯
时间：19世纪
正方：赫胥黎 进化论支持者 “达尔文的斗犬”
反方：威尔伯福斯 牛津主教 “善辩的萨姆”
番外篇
“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人。”
中西方历法之争：康熙历狱
汤若望 vs 杨光先
时间：17世纪
正方：汤若望 耶稣会传教士、北京天文台长、正一品光禄大夫
反方：杨光先 清初学者、穆斯林、钦天监监正
顺治一朝，在传教士汤若望的努力下，认可了在《崇祯历书》基础上编订的《西洋新法历书》，制《时宪历》以为准绳，西方的天文学基因被注入到东方历法之中，丹麦天文学家第谷的天体系统在清帝国得到了全面采用。汤若望以钦天监监正之身份，在北京建国门附近的观象台承担起天文台台长的责任。汤若望以精湛的科学素养获得了顺治皇帝的信任，历次加封，官至光禄大夫正一品。
然而汤若望的荣耀随着顺治皇帝在1661年的过世而迅速褪去，康熙皇帝八岁登极，中西历法之争尘埃再起。康熙四年，1665年，辅政大臣鳌拜不满外邦人参政，授意新安卫官生杨光先上《请诛邪教书》批驳西方历法，斥汤若望所谓“西法十谬”。杨光先本是回族，信奉伊斯兰教，对汤若望的天主教理念抵触已久。在鳌拜的支持下，汤若望被罗致三大罪状，最严重的一条是莫须有的阴谋造反。更称“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人。”
汤若望拖着古稀之年的病体，桎梏加身，跪地受审。其时他已罹患中风，不能言语，更无从抗辩。次年清廷结案，汤若望被判处凌迟，他的助手比利时传教士南怀仁和其他耶稣会士也被投入囹圄，提审经月不休。在黑暗的牢狱里，他们终日向天主祈祷，相互勉励。
宣判后北京旋即发生地震，又有彗星出现，合都惶恐。清廷官员以为天象示警，杀戮不吉。孝庄太皇太后特旨传谕“汤若望向为先帝所信任，礼待极隆，尔等置之死地，毋宁太过。”汤若望幸运地得以身免，然而其他五位受到牵连的钦天监汉人同事均问斩，徐光启在崇祯一朝悉心培养的一批中国天文数学人才，至此凋零殆尽。这一段帙卷中被血液黏结起来的历法之争，后来被史家称作“康熙历狱”。
汤若望并没有支撑太久，他在一年后的1666蒙主宠诏，荣归主怀。杨光先入钦天监，尽废西方历法，他所信奉的源自伊斯兰文化的《回回历》成为了清朝修历的基础。然而科学的真伪判定并不会以政治斗争的结果作为准绳，杨光先执掌下的钦天监工作很快陷入混乱，一年中出现了两个春分，不该置闰的却加多了闰月。汤若望的助手南怀仁操着并不流利的汉语，在康熙皇帝的御前辩论中痛陈杨光先的失误，并在其后的日影测算中取得完胜。西法得以恢复，南怀仁成为新一代钦天监监正，深得康熙皇帝重用。作为康熙皇帝的启蒙老师，他发挥科学、工程、兵器铸造方面的天赋，后来官至工部侍郎，正二品。
汤若望作古三年后得康熙一朝平反，康熙皇帝在他的祭文里，以 “遽尔长逝，朕用悼焉”的感慨，抒发了对他的缅怀。至于一手发动康熙历狱的杨光先，在南怀仁的反诉下，以诬告致死的罪状下狱，本应反坐死刑，因其年事已高得免死罪，遣送原籍，去世在回乡的旅途。他与汤若望这对政治上的死敌，离开也不过是脚前脚后。
影响：
南怀仁供职钦天监后，开始对观象台加以改造，他参照第谷的设计，吸取中国古朴的造型艺术，历经四年铸造六件铜质天文仪器，用于测定天体的黄经赤纬、地平象限以及天象推演。观象台的改造正赶上英法两国的天文台军备竞赛，它晚于巴黎天文台一年，早于格林威治天文台两年。
不过，中西天文观测硬件上的差距依然不可以道里计，北京采用的依然是第谷的肉眼观测仪器，西方天文仪器在第谷之后又经历了七十年间伽利略、开普勒、惠更斯、卡西尼、牛顿历任光学大师的推动，已经远非南怀仁离开欧洲时的知识储备可以比拟，牛顿反射式望远镜的精度更已经远远将第谷的简陋设备甩在后面。东方天文学界在崇祯一朝实现的短暂的对西方文明的追赶持平终成历史，反应迟缓的清帝国的沉重步履，已经再难跟上西方世界的节奏。
