《管理办法》明确，重点实验室布局面向重大需求，关注新兴交叉学科，促进领域、区域均衡发展;根据研究方向分为应用基础、转化应用、政策研究和条件保障4类。重点实验室依托在中国大陆境内合法注册两年以上的独立法人企事业单位建立，港澳地区相关机构可以合作形式积极参与重点实验室建设。
《管理办法》指出，重点实验室建设坚持“边建设、边运行、边开放”的原则，鼓励地方、部门和企业等通过多种形式共建重点实验室，鼓励国际组织、国内外政府机构、单位和个人以不同形式依法依规支持重点实验室建设。重点实验室建设期原则上不超过3年，由国家卫生健康委员会组织或委托相关机构进行验收，通过验收的重点实验室，运行周期一般为5年。
《评估规则》明确，国家卫生健康委员会组织制定评估规则和指标体系，委托第三方开展对重点实验室进行独立评估，并根据评估结果对重点实验室进行动态调整。评估结果分为优秀、良好、整改和未通过。
