刘小兵等代表提到， 2012年以来，国家出台了一系列文件与政策，特别是2016年5月国务院印发的《2016年推进简政放权放管结合优化服务改革工作要点》和2016年7月中共中央办公厅、国务院办公厅印发的《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见》，较好地扩大了高校办学自主权，激发了科研人员的积极性和创造性，科研经费管理改革取得了一定的成效。
但对照文件精神要求来看，在科研经费使用这一核心问题上还有进一步深化改进的空间。
刘小兵等代表认为，从目前我国科研经费使用中乱象丛生的情况来看，最为核心的问题在于在编在职正式科研人员的智力成本难以得到充分补偿。目前所有科研经费使用中出现的各种问题，主要就是这一问题所引起的。
科研人员为了取得与付出相匹配的收入，只能通过发票报销的方式来换取收入，而那些发票大多只有一小部分是科研项目的真实支出，其余都是为套现而凑来的发票，这不仅违反了财务管理的规定，也使科研人员面临着极大的违法乱纪的风险。
对于许多课题而言，有台电脑就可以进行研究，图书资料可以向图书馆借阅或网上查阅，聘请科研辅助人员的劳务费支出极少甚至没有，差旅和会议也不是很多，直接成本可谓少之又少，可以说绝大部分支出都是科研人员的智力成本。
刘小兵等代表指出，从实事求是的角度，支出中应大部分体现为科研人员的直接收入，而目前政策中只允许从占比很小的间接费用中提取一定比例的绩效支出来补偿，很明显偏离了科研工作的实际情况，也因此与科研人员的诉求相去甚远。
因此，11名代表建议，将绩效支出从间接费用中调整出来，作为直接费用，允许在编在职的正式科研人员从项目经费中直接提取智力成本补偿，以充分尊重科研规律，以人为本，实事求是，使广大科研人员体会到更大的“成就感”和“获得感”。
可按照分类管理的原则，区分不同学科，设定有差别的智力成本补偿的比例，同时规定智力成本补偿经费的提取须与研究进度一致，避免国拨资金被无效使用的风险。
如果能切实解决好在编在职科研人员智力成本的补偿问题，将会彻底消除目前存在的那些科研经费使用乱像，并带来以下好处：
一、科研人员可以更加专注于本身的研究工作，不必再为报销多费心思，科研犯罪的问题也就不复存在的,从而释放出科研人员的内生动力，大大提高科学研究的效率。
二、可以减少科研报销中大量凑发票的现象，解除科研人员找发票报销的烦恼，也使财务人员不必再为这些与研究任务无关的发票是否通过审核而犯愁，减小审计风险，实现风清气正的科研环境。
三、国家可以真实掌握各类科研项目的实际支出情况，为今后更加科学地进行预算拨款提供依据。目前凑发票报销大量存在的情况下，国家是无法真实掌握各类中央财政科研项目的真实成本的，也因此可见，拨款的科学性是值得质疑的。如果允许直接提取智力成本补偿，同时严格杜绝凑发票报销的行为，就可以如实掌握真实的支出，从而更好地评价资金的使用效益，为今后核定拨款标准提供依据。具体实施时，可以先试点在推广，通过试点单位科研人员的反映来判断政策的可行性和存在的利弊，以评估下一步全面推开的必要性。
四、报销效率大大提高，可以大量减少高校和科研院所的财务人员配备，为国家节约大量用人成本。由于在凑发票报销情况下，票据审核的难度比直接提取酬金大了很多，因此各高校和科研院所不得不配备更多的财务人员来满足科研服务的需求；在允许直接提取智力成本补偿后，审核的效率会大大提高，相应地所需配备的财务人员数量就会减少，国家养人的成本得以节约。
五、科研结余资金会大量减少。高等教育经费结余中很大一部分是科研经费结余，产生科研经费结余的深层次原因是制度要求与实际使用发生了偏离，也就是本来应体现为智力成本补偿的支出却被要求以发票报销来体现，因此，不管出台怎样的预算执行的激励政策，也无法解决这一问题。如果按照本建议进行调整，科研结余资金会大幅减少，教育主管部门和各高校每年消化存量资金的压力也会极大缓解。
最后，刘小兵等代表强调，需要说明的是，本建议是基于政府认可“科研人员智力成本需要补偿”这一观点之上的。如果不认可，此建议可忽略。
