其中，农业农村部热区高效农业绿色低碳重点实验室依托中国热科院环植所建设，是农业绿色低碳学科群新增的专业性重点实验室。农业农村部亚热带果品蔬菜质量安全控制重点实验室依托中国热科院分析测试中心牵头、联合浙江农林大学、广西亚热带作物研究所共同建设，是农产品质量安全学科群新增的专业性重点实验室。农业农村部中药材生物学与栽培重点实验室依托中国中医科学院中药研究所、中国热科院品资所、湖北农科院中药材研究所三家单位共同建设，是特种经济动植物生物学与遗传育种学科群新增的专业性重点实验室。
截至目前，中国热科院共有12个农业农村部学科群重点实验室，覆盖热带作物种质资源、遗传改良、有害生物综合治理、智能装备、绿色生产、农产品加工、农产品质量安全等领域。
